In der Zeit nach der Jahrtausendwende konnte die Stadt Rostock gleich mehrmals bundesweite Aufmerksamkeit erhaschen. Das prominenteste und tragischste Beispiel hat die Berichterstattung bis heute geprägt: Der Mord von Mehmet Turgut durch den NSU.
Der Hamburger soll von Uwe Mundlos, Uwe Böhnhardt und Beate Zschäpe am 25. Februar 2004 erschossen worden sein. Der Fall wird der Ceska-Mordserie (auch bekannt als NSU-Morde) zugeordnet, bei der neun, meist türkischstämmige, Kleinunternehmer erschossen wurden. Ein Gerichtsprozess hält bis heute an und wird in den Medien aufmerksam verfolgt.
Aber in den ersten fünf Jahren des Jahrhunderts überwogen klar die positiven Meldungen. Schon Mitte 2001 wurde in der Universitätsklinik die Grundlage für die potentielle Rettung unzähliger Menschenleben gelegt. Rostocker Herzchirurgen unter der Leitung von Chefarzt Dr. Gustav Steinhoff ist es erstmals gelungen einem Infarkt-Patienten Stammzellen aus dessen Knochenmark in das Herzmuskelgewebe zu verpflanzen. Dieser Prozess soll das nach dem Infarkt vernarbte Gewebe beleben und verschafft den Patienten eine wesentlich bessere Herzleistung, die unter natürlichen Umständen nicht mehr möglich wäre.
Auch an den Ufern der Hansestadt ist viel passiert. Die Neptunwerft baut am neuen Standort erste Schiffe, in der Kvaerner Warnow Werft legt erstmals eine Bohrinsel ab und die Georg Büchner erhält einen Platz am Stadthafen. Die Ufer der Stadt werden für Autofahrer erstmals durch den Warnowtunnel verbunden, der im August 2003 eröffnet wurde. Nach langer Planung stellt das Mammutprojekt bis heute eine wichtige Ergänzung für die Infrastruktur da.
Außerdem weiterhin anhaltend ist eine Veränderung an der politischen Spitze der Hansestadt: Im Jahr 2005 ist Roland Methling erstmals zum Oberbürgermeister gewählt worden. Auch heute noch hat er eine Mehrheit der Bürger hinter sich.
